नीति अनुसन्धान प्रतिष्ठानको अनुसन्धान सम्बन्धी कार्यादेश व्यापक भएकाले अनुसन्धान विषय तथा क्षेत्रहरूलाई निम्नानुसारका विधागत केन्द्रहरू र इकाईहरूमा संगठित गरिएको छ:

केन्द्र १: आर्थिक तथा पूर्वाधार विकास नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

१.१ आर्थिक विकास इकाई
१.२ वाणिज्य, वित्तीय तथा मौद्रिक नीति इकाई
१.३ पूर्वाधार विकास इकाई

केन्द्र २: शासकीय प्रबन्ध, सङ्घीयता तथा सामाजिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

२.१ शासकीय प्रबन्ध इकाई
२.२ सार्वजनिक सेवाप्रवाह इकाई
२.३ सङ्घीय मामिला इकाई
२.४ कानुनी मामिला इकाई
२.५ सार्वजनिक संस्था इकाई
२.६ शिक्षा, स्वास्थ्य, समाज कल्याण तथा सामाजिक सुरक्षा इकाई

केन्द्र ३: परराष्ट्र तथा रणनीतिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

४.१ अन्तर्राष्ट्रिय सम्बन्ध, कूटनीति तथा रणनीतिक मामिला इकाई
४.२ राष्ट्रिय हित, राष्ट्रिय सुरक्षा तथा सुरक्षा निकाय/संयन्त्र
४.३ मानव अधिकार र अन्तर्राष्ट्रिय सन्धि-सम्झौता इकाई

केन्द्र ४: प्राकृतिक स्रोत तथा प्रविधि नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

५.१ कृषि, वन तथा प्राकृतिक स्रोत इकाई
५.२ पर्यावरण, वातावरण र जलवायु परिवर्तन इकाई
५.३ विज्ञान, प्रविधि र नवप्रवर्तन इकाई
​​​​​​​५.४ सूचना प्रविधि तथा कृत्रिम बौद्धिकता (artificial intelligence)